Services

서비스

NGS

Amplicon Metagenomic Sequencing

Amplicon Metagenomic Sequencing

Amplicon metagenomic sequencing은 특정 자연환경에 존재하는 모든 미생물의 유전체 집합을 확인하는 방법입니다. 환경 시료로부터의 미생물 군집 유전체 프로파일링 및 기능적 유의성 확인, 다른 환경 시료와의 미생물 군집 패턴 차이 확인 등이 가능합니다. 최근 인체의 장 혹은 구강 내에 존재하는 미생물의 군집 패턴이 질병과의 연관성이 있다는 보고가 증가하는 추세에 따라 향후 의학 분야에서도 다양하게 이용될 것으로 전망됩니다[1][2][3].

적용 가능 연구

  • Taxonomic profiling
  • Comparision analysis of microbial community
  • Diversity statistics (alpha-, beta- diversity)

샘플&실험정보

샘플&실험정보
Sample Requirement gDNA > 100ng (minimum 10ng) 20ng/µl DIN > 6
Library Kit Illumina
Sequencing Platform Illumina MiSeq
Recommended Sequencing Depth Up to 50,000 reads per sample

생명정보학 분석자세히 알아보기

Workflow

Standard Analysis

Pick de novo OTUs

Microbioal taxonomic Profiling

Diversity statistics(alpha-, beta- diversity)

Standard Analysis

Reference

    [1] Lim, M. Y. et al., (2020). Changes in microbiome and metabolomic profiles of fecal samples stored with stabilizing solution at room temperature: a pilot study. Scientific reports, 10(1), 1789.

    [2] Gunathilake, M. N. et al., (2019). Association between the relative abundance of gastric microbiota and the risk of gastric cancer: a case-control study. Scientific reports, 9(1), 13589.

    [3] Hu, H. J. et al., (2015). Obesity Alters the Microbial Community Profile in Korean Adolescents. PloS one, 10(7), e0134333.

    [4] Saha, S. et al., (2019). Microbial acclimatization to lipidic-waste facilitates the efficacy of acidogenic fermentation. Chemical Engineering Journal, 358, 188–196. https://doi.org/10.1016/j.cej.2018.09.220

FAQ
Shotgun Metagenomic Sequencing

Shotgun Metagenomic Sequencing

Shotgun metagenomic sequencing은 배양이 불가능한 미생물 혹은 복잡한 환경에 존재하는 모든 유기체의 유전자를 포괄적으로 검출할 수 있으며, 미생물 다양성과 기능적 특징을 제공함으로써 환경 내 미생물 간의 관계, 환경과 미생물의 관계 등에 대한 이해를 돕습니다. 

적용 가능 연구

  • Identification of microbial community diversity in the environmnet
  • Metagenome assembled genomes

샘플&실험정보

샘플&실험정보
Sample Requirement gDNA > 10µg (minimum 5µg), 100ng/µl, DIN > 8
Library Kit Illumina
Sequencing Platform Illumina NovaSeq6000, PacBio Sequel Ⅱ
Recommended Sequencing Reads 70 million read pairs per sample

생명정보학 분석자세히 알아보기

Workflow
Shotgun Metagenomic Sequencing

Standard Analysis

Remove host sequences

Metagenome assembled genomes

Prediction genomic region

Gene annotation

Taxonomy assign

Standard Analysis

Advanced Analysis

Classification of COG functional annotations

No content

No content

No content

No content

Advanced Analysis
FAQ
Full Length 16S rRNASequencing

Full Length 16S rRNASequencing

PacBio의 Single Molecule, Real-Time(SMRT) Sequencing은 선호하는 식별 전체 영역에서 약 1.5Kbp 확장하여 해독할 수 있습니다. 종 수준에서 높은 정확도의 Species annotation과 Functional genes의 해상도를 크게 향상시킨 프로파일링 결과를 제공합니다.

적용 가능 연구

  • Microbial taxonomic profiling
  • Full length 16S rRNA genomic analysis

샘플&실험정보

샘플&실험정보
Sample Requirement gDNA > 1µg (minimum 5µg), 100ng/µl, DIN > 8
Library Kit PacBio
Sequencing Platform PacBio Sequel Ⅱ
Recommended Sequencing Depth -

생명정보학 분석자세히 알아보기

Workflow
Full Length 16S rRNASequencing

FAQ
검색 닫기