Amplicon Metagenomic Sequencing

Amplicon metagenomic sequencing은 특정 자연환경에 존재하는 모든 미생물의 유전체 집합을 확인하는 방법입니다. 환경 시료로부터의 미생물 군집 유전체 프로파일링 및 기능적 유의성 확인, 다른 환경 시료와의 미생물 군집 패턴 차이 확인 등이 가능합니다. 최근 인체의 장 혹은 구강 내에 존재하는 미생물의 군집 패턴이 질병과의 연관성이 있다는 보고가 증가하는 추세에 따라 향후 의학 분야에서도 다양하게 이용될 것으로 전망됩니다^[1][2][3].

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적용 가능 연구

• Taxonomic profiling
• Comparision analysis of microbial community
• Diversity statistics (alpha-, beta- diversity)

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Reference

[1] Lim, M. Y. et al., (2020). Changes in microbiome and metabolomic profiles of fecal samples stored with stabilizing solution at room temperature: a pilot study. Scientific reports, 10(1), 1789.

[2] Gunathilake, M. N. et al., (2019). Association between the relative abundance of gastric microbiota and the risk of gastric cancer: a case-control study. Scientific reports, 9(1), 13589.

[3] Hu, H. J. et al., (2015). Obesity Alters the Microbial Community Profile in Korean Adolescents. PloS one, 10(7), e0134333.

[4] Saha, S. et al., (2019). Microbial acclimatization to lipidic-waste facilitates the efficacy of acidogenic fermentation. Chemical Engineering Journal, 358, 188–196. https://doi.org/10.1016/j.cej.2018.09.220

Shotgun Metagenomic Sequencing

Shotgun metagenomic sequencing은 배양이 불가능한 미생물 혹은 복잡한 환경에 존재하는 모든 유기체의 유전자를 포괄적으로 검출할 수 있으며, 미생물 다양성과 기능적 특징을 제공함으로써 환경 내 미생물 간의 관계, 환경과 미생물의 관계 등에 대한 이해를 돕습니다. 

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적용 가능 연구

• Identification of microbial community diversity in the environmnet
• Metagenome assembled genomes

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