Amplicon Metagenomic Sequencing

Amplicon metagenomic sequencing은 주어진 샘플 내 존재하는 박테리아, 균류 등을 식별 및 비교하는 효율적이고 경제적인 시퀀싱 방법입니다.
NGS 기반 분석은 배양이 어렵거나 불가능한 복잡한 마이크로바이옴 또는 환경 내 군집다양성의
계통 분류학적 비교를 가능하게 하며 시각적, 통계적 지표를 제공함으로써 연구자의 이해를 돕습니다.
Universial primer set을 사용한 Amplicon sequencing이 아닌 경우에는 충분한 컨설팅을 거쳐 실험 및 분석이 진행됩니다.

적용 가능 연구

• Taxonomic profiling
• Comparision analysis of microbial community
• Diversity statistics (alpha-, beta- diversity)

샘플&실험정보

생명정보학 분석

Reference

[1] Lim, M. Y. et al., (2020). Changes in microbiome and metabolomic profiles of fecal samples stored with stabilizing solution at room temperature: a pilot study. Scientific reports, 10(1), 1789.

[2] Gunathilake, M. N. et al., (2019). Association between the relative abundance of gastric microbiota and the risk of gastric cancer: a case-control study. Scientific reports, 9(1), 13589.

[3] Hu, H. J. et al., (2015). Obesity Alters the Microbial Community Profile in Korean Adolescents. PloS one, 10(7), e0134333.

[4] Saha, S. et al., (2019). Microbial acclimatization to lipidic-waste facilitates the efficacy of acidogenic fermentation. Chemical Engineering Journal, 358, 188–196. https://doi.org/10.1016/j.cej.2018.09.220

Shotgun Metagenomic Sequencing

NGS 기반 Shotgun metagenomic sequencing은 배양이 불가능한 미생물 혹은 복잡한 환경에 존재하는 모든 유기체의 유전자를 포괄적으로 검출할 수 있으며,
미생물 다양성, 기능적 특징을 제공함으로써 환경 내 미생물 간 관계, 환경과 미생물의 관계 등 이해를 돕습니다.
시료 내 존재하는 모든 유기체를 Contig 레벨로 조립하여 제공하며, Genome 상의 CDS region 등을 예측한 후
UniProt, RefSeq, Pfam 등의 데이터베이스를 활용하여 유전자 Annotation을 진행합니다.

적용 가능 연구

• Identification of microbial community diversity in the environmnet
• Metagenome assembled genomes

샘플&실험정보

생명정보학 분석