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NGS

Amplicon Metagenomic Sequencing

Amplicon Metagenomic Sequencing

Amplicon metagenomic sequencing은 주어진 샘플 내 존재하는 박테리아, 균류 등을 식별 및 비교하는 효율적이고 경제적인 시퀀싱 방법입니다.
NGS 기반 분석은 배양이 어렵거나 불가능한 복잡한 마이크로바이옴 또는 환경 내 군집다양성의
계통 분류학적 비교를 가능하게 하며 시각적, 통계적 지표를 제공함으로써 연구자의 이해를 돕습니다.
Universial primer set을 사용한 Amplicon sequencing이 아닌 경우에는 충분한 컨설팅을 거쳐 실험 및 분석이 진행됩니다.

적용 가능 연구

  • Taxonomic profiling
  • Comparision analysis of microbial community
  • Diversity statistics (alpha-, beta- diversity)

샘플&실험정보

샘플&실험정보
Sample Requirement gDNA > 100ng (minimum 10ng) 20ng/µl DIN > 6
Library Kit Illumina
Sequencing Platform Illumina MiSeq
Recommended Sequencing Depth Up to 50,000 reads per sample

생명정보학 분석

Workflow

Standard Analysis

Pick De novo OTUs

Microbioal taxonomic Profiling

Diversity statistics(alpha-, beta- diversity)

Standard Analysis

Reference

    [1] Lim, M. Y. et al., (2020). Changes in microbiome and metabolomic profiles of fecal samples stored with stabilizing solution at room temperature: a pilot study. Scientific reports, 10(1), 1789.

    [2] Gunathilake, M. N. et al., (2019). Association between the relative abundance of gastric microbiota and the risk of gastric cancer: a case-control study. Scientific reports, 9(1), 13589.

    [3] Hu, H. J. et al., (2015). Obesity Alters the Microbial Community Profile in Korean Adolescents. PloS one, 10(7), e0134333.

    [4] Saha, S. et al., (2019). Microbial acclimatization to lipidic-waste facilitates the efficacy of acidogenic fermentation. Chemical Engineering Journal, 358, 188–196. https://doi.org/10.1016/j.cej.2018.09.220

Shotgun Metagenomic Sequencing

Shotgun Metagenomic Sequencing

NGS 기반 Shotgun metagenomic sequencing은 배양이 불가능한 미생물 혹은 복잡한 환경에 존재하는 모든 유기체의 유전자를 포괄적으로 검출할 수 있으며,
미생물 다양성, 기능적 특징을 제공함으로써 환경 내 미생물 간 관계, 환경과 미생물의 관계 등 이해를 돕습니다.
시료 내 존재하는 모든 유기체를 Contig 레벨로 조립하여 제공하며, Genome 상의 CDS region 등을 예측한 후
UniProt, RefSeq, Pfam 등의 데이터베이스를 활용하여 유전자 Annotation을 진행합니다.

적용 가능 연구

  • Identification of microbial community diversity in the environmnet
  • Metagenome assembled genomes

샘플&실험정보

샘플&실험정보
Sample Requirement gDNA > 10µg (minimum 5µg), 100ng/µl, DIN > 8
Library Kit Illumina
Sequencing Platform Illumina NovaSeq6000, PacBio Sequel Ⅱ
Recommended Sequencing Reads 70 million read pairs per sample

생명정보학 분석

Workflow
Shotgun Metagenomic Sequencing

Standard Analysis

Remove host sequences

Metagenome assembled genomes

Prediction genomic region

Gene annotation

Taxonomy assign

Standard Analysis

Advanced Analysis

Classification of COG functional annotations

No content

No content

No content

No content

Advanced Analysis
FAQ
Full Length 16S rRNASequencing

Full Length 16S rRNASequencing

NGS 기반 마이크로바이옴 연구는 비용 부담이 적은 대신 판독 영역이 짧아 종 수준에서 오분류하는 것이 큰 과제로 남아있습니다.
PacBio의 Single molecule, real-time(SMRT) sequencing은 16S rRNA 및 18S rRNA 영역에서 약 1.5Kbp를 해독하여
종 수준에서 높은 정확도로 수준 높은 해상도의 프로파일링 결과를 제공합니다.

적용 가능 연구

  • Microbial taxonomic profiling
  • Full length 16S rRNA genomic analysis

샘플&실험정보

샘플&실험정보
Sample Requirement gDNA > 1µg (minimum 5µg), 100ng/µl, DIN > 8
Library Kit PacBio
Sequencing Platform PacBio Sequel Ⅱ
Recommended Sequencing Depth -

생명정보학 분석

Workflow
Full Length 16S rRNASequencing
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