Targeted Methylation Sequencing

Targeted methylation sequencing은 DNA methylation 데이터를 이용한 후성유전학 연구에서 주요한 Genomic contents을 타깃하여 시퀀싱 하는 방법으로, CpG island, Promoter region 등의 CpG methylation level 을 확인할 수 있습니다. Whole genome bisulfite sequencing 데이터보다 작은 양의 시퀀싱 데이터만으로 주요한 Methylation pattern을 확인할 수 있습니다^[1].

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적용 가능 연구

• Profiling dysregulation of DNA methylation
• Studying genotype-environment interactions and disease-related patterns
• Investigation of individual variation in disease susceptibility

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Reference

[1] Shin, H. Y. et al., (2020). Alteration in global DNA methylation status following preconditioning injury influences axon growth competence of the sensory neurons. Experimental neurology, 326, 113177.

[2] Kato, N. et al., (2015). Trans-ancestry genome-wide association study identifies 12 genetic loci influencing blood pressure and implicates a role for DNA methylation. Nature Genetics, 47(11), 1282–1293. https://doi.org/10.1038/ng.3405

Bisulfite Sequencing

Bisulfite sequencing 을 통해 Whole genome 상에 존재하는 Cytosine context(CpG, CHG, CHH)에 대한 DNA methylation level 을 확인할 수 있습니다. 후성유전적 현상을 Molecular 수준에서 연구하는 데 사용되며, 샘플 및 그룹 간 Differential methylated region을 확인하고 해당 영역의 Genomic contents를 Annotation 하여 유전자의 발현에 미치는 영향을 확인할 수 있습니다.테라젠바이오는 도라지에서 Whole genome bisulfite sequencing 데이터를 이용해 Platycosides biosynthesis 를 연구한 바 있습니다^[1].

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적용 가능 연구

• Profiling DNA methylation
• Studies on phenotypic diversity and evolution in plants and animals
• Understanding of epigenetic alternations of pathogenetic pathways
• Early diagnosis of diseases and cancers through the detection of DNA hypermethylation or hypomethylation

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Reference

[1] Kim, J. et al., (2020). Whole-genome, transcriptome, and methylome analyses provide insights into the evolution of platycoside biosynthesis in Platycodon grandiflorus, a medicinal plant. Horticulture research, 7, 112.

ChIP Sequencing

ChIP sequencing는 염색질 면역 침전(ChIP)과 차세대 염기서열 분석(NGS)을 결합한 시퀀싱으로, 데이터를 분석하여 DNA 관련 단백질의 결합 부위를 식별할 수 있습니다. 식별된 결합 부위는 각 세포 유형의 후성유전적 상태를 정확하게 예측할 수 있으며, 후성 유전 정보는 세포 과정의 조절, 세포의 분화 과정 또는 질병 진행 메커니즘을 완전히 이해하는 데 필수적입니다.

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