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Bioinformatics

 Amplicon Metagenomic Sequencing

Amplicon metagenomic sequencing은 주어진 샘플 내 존재하는 박테리아, 균류 등을 식별 및 비교하는 효율적이고 경제적인 시퀀싱 방법입니다.
NGS 기반 분석은 배양이 어렵거나 불가능한 복잡한 마이크로바이옴 또는 환경 내 군집다양성의
계통 분류학적 비교를 가능하게 하며 시각적, 통계적 지표를 제공함으로써 연구자의 이해를 돕습니다.
Universial primer set을 사용한 Amplicon sequencing이 아닌 경우에는 충분한 컨설팅을 거쳐 실험 및 분석이 진행됩니다.

Workflow

Features & Benefits

  • Alpha & Beta diversity index
  • Taxonomy abundance table
  • Comparing the composition of microbiomes in two or more populations

생명정보학 분석자세히 알아보기

Standard Analysis

Pick de novo OTUs

Taxonomic assignment

Diversity statistics (alpha-, beta- diversity)

Standard Analysis

Shotgun Metagenomic Sequencing

NGS 기반 Shotgun metagenomic sequencing은 배양이 불가능한 미생물 혹은 복잡한 환경에 존재하는 모든 유기체의 유전자를 포괄적으로 검출할 수 있으며,
미생물 다양성, 기능적 특징을 제공함으로써 환경 내 미생물 간 관계, 환경과 미생물의 관계 등 이해를 돕습니다.
시료 내 존재하는 모든 유기체를 Contig 레벨로 조립하여 제공하며, Genome 상의 CDS region 등을 예측한 후
UniProt, RefSeq, Pfam 등의 데이터베이스를 활용하여 유전자 Annotation을 진행합니다.

Workflow
Shotgun Metagenomic Sequencing

생명정보학 분석자세히 알아보기

Standard Analysis

Remove host sequences

metagenome assembled genomes

Prediction genomic region

Gene annotation

Taxonomy assign

Standard Analysis

Advanced Analysis

Classification of COG functional annotations

No content

No content

No content

No content

Advanced Analysis

Full Length 16S rRNASequencing

NGS 기반 마이크로바이옴 연구는 비용 부담이 적은 대신 판독 영역이 짧아 종 수준에서 오분류하는 것이 큰 과제로 남아있습니다.
PacBio의 Single molecule, real-time(SMRT) sequencing은 16S rRNA 및 18S rRNA 영역에서 약 1.5Kbp를 해독하여
종 수준에서 높은 정확도로 수준 높은 해상도의 프로파일링 결과를 제공합니다.

Workflow
Full Length 16S rRNASequencing
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