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Bioinformatics

Total/mRNA Sequencing

테라젠바이오는 인체, 오가노이드, 동식물, 제노크래프트 등 다양한 샘플들로부터 정상군과 대조군의 차별적 유전자 발현양 분석을 제공하며,
이를 기반으로 유전자 기능 연구에 필요한 단초를 제공해 드립니다. 생물학적인 특성에 관련된 유전자들이 어떠한 조건 (예: 정상세포 vs 암세포)에서 통계적 의미를 가지는지
Gene set enrichment analysis (GSEA) 분석이 가능합니다. 기존에 동정되지 않았던 전사체나 대체접합 정보 (Alternative splicing) 및 융합 유전자 정보 (Gene fusion) 등도 제공합니다.

Workflow

Features & Benefits

  • 생물학적 변화를 모두 포착할 수 있는 유전자 레벨의 광범위한 데이터를 획득 가능
  • 유전자 레벨에서 알려지거나 알려지지 않은 정보들을 획득 가능
  • 참조 유전체 정보가 없어도 유전자 레벨의 정량적 측정이 가능

생명정보학 분석자세히 알아보기

Standard Analysis

Functional annotation

Alternative splicing analysis

RNAseq de novo assembly

Differential expression genes (DEGs)

GO analysis

Standard Analysis

Advanced Analysis

Gene set enrichment analysis  (GSEA)

Gene fusion analysis

No content

No content

No content

Advanced Analysis

Small RNA Sequencing

세포성장, 조직 분화, 세포 자살, 바이러스 감염과 같은 다양한 생물학적 과정을 조절하는 비발현 작은 RNA(small non-coding RNA, ncRNA)를 동정하는 기술을 통해
수천개의 micro RNA(miRNA)와 같은 Small ncRNA서열에 대하여 광범위한 수준으로 분석해 낼 수 있습니다.
아직 알려지지 않은 miRNA 뿐만 아니라 샘플들 내에서 차별적으로 발현되는 작은 RNA 단위들을 동정함으로써 연구자들에게 필요한 정보를 제공합니다.
miRNA seed 영역 변이를 탐색하며, 해당 종의 유전자 정보를 활용하여 발현량을 측정합니다.
또한, 다양한 Database 정보를 통합하여 miRNA가 Target 하는 유전자 정보 제공하며, 각각의 miRNA가 Target 하는 유전자에 대한 정보를 제공합니다.

Workflow
Small RNA Sequencing

생명정보학 분석자세히 알아보기

Standard Analysis

Alignment against reference genome

Quantification of small RNA

Discovery of novel/known miRNAs

Estimation of differential expressed miRNAs

Prediction of target mRNA

Standard Analysis

Advanced Analysis

miRNA-mRNA Integrated analysis

No content

No content

No content

No content

No content

Advanced Analysis

Isoform Sequencing (de novo)

Isoform sequencing은 Short-read에서 발생하는 오류를 방지하여 Full length isoform을 시퀀싱 및 분석을 할 수 있습니다.
PacBio 기반 Long-read 서열을 이용하여 Clustering 및 Annotation을 하여 Unigene을 만들수 있습니다.
또한, Iillumina 기반 Short-read 서열을 이용하여 Unigene에 대한 RNA-seq Expression을 계산할 수 있습니다.

Workflow
Isoform Sequencing (de novo)

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Standard Analysis

Clustering & Annotation

Read mapping

Expression

Differential expression genes (DEGs) 

Standard Analysis

Single Cell RNA Sequencing

Single Cell RNA Sequencing은 샘플내 단일 세포 레벨에서 유전자들의 발현양을 파악하는 시퀀싱 기술입니다.
시료 내에 존재하는 세포의 분포를 파악할 수 있고 희귀하거나 알려지지 않은 세포 유형을 규명할 수 있으며,
Pseudotime 분석을 통해 세포 유형 간의 상태 변화나 분화 과정 등의 추정이 가능합니다.
또한, Immune Profiling은 각 세포 수준에서 세포의 발현 데이터와 B Cell Recector, T Cell Receptor의 V(D)J 재조합 데이터와
항체 클론형 (Clonotype) 데이터를 융합하여 시료의 Immune repertoire를 확인할 수 있습니다.

테라젠바이오는 단일 세포의 품질을 측정하여 저품질의 세포들을 제거하고 정규화하여 세포의 발현량을 측정할 수 있으며,
측정된 발현을 기준으로 세포 유형을 예측한 후 각 세포 유형 별 차별 발현 유전자 분석(DEG analysis)을 통해 유의미한 유전자 정보를 제공합니다.
또한, 세포의 유전자 발현 유사성과 차별성을 기반으로 세포의 분화 과정 및 시간 변화에 따른 유전자 발현 변화 정보를 제공합니다.

Workflow
Single Cell RNA Sequencing

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Standard Analysis

T-SNE

Feature plot

Heatmap

Phlyogenetic tree

10X Genomics report

Standard Analysis

Spatial Transcriptomics

Digital spatial profiling (DSP)은 Morphology marker를 이용하여 RNA/Protein을 염색하는 방법으로 관심있는 영역을 명확하게 시각화 할 수 있습니다.
(Minimum region size of 5 µm × 5 µm, up to a maximum size of 660 µm × 785 µm). 특히 정제도가 떨어지는 FFPE (Fromalin fixed paraffin embedded)를 비롯하여
Core needle biopsy, Tissue microarray, Slide mounted tissue 및 Fresh frozen tissue 등 다양한 종류의 조직에서 실험이 가능합니다.
또한, 바이오마커 발굴, 면역체크포인트 확인, 치료 반응에 따른 종양과 주변 환경의 변화를 보는 연구 등 다양한 연구 분야에 활용됩니다.

테라젠바이오는 Spatial genomics 분석을 위해 10X Genomics사의 Visium 플랫폼과 Nanostring 사의 GeoMx 플랫폼을 제공하며, 두 방법 모두 FFPE 샘플 사용이 가능합니다.
Visium 은 특정 마커가 없이도 조직을 50²μm 크기의 그리드 형태로 나누어 각 그리드 내 존재하는 세포 집합의 유전자 발현양을 측정하게 되어 조직 내 존재하는 다양한 세포군에 따른 유전자 발현양을 측정합니다. 특정 마커가 없어도 진행할 수 있으나 그리드당 측정할 수 있는 유전자의 수가 적은 단점이 있습니다.
GeoMx는 조직에서 관심있는 세포군들을 면역염색에 근거하여 유전자 발현을 측정하는 방법으로, Visium 보다 저렴한 비용으로 Spatial genomics 분석을 진행할 수 있습니다.
Visium 보다 많은 유전자의 발현양을 측정할 수 있으나, 진정한 의미의 단세포 분석은 아니며 정해진 가설을 증명하기 위한 연구에 적합합니다.

Workflow
Spatial Transcriptomics

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Standard Analysis

Expression data set

Differential expression genes (DEGs)

Statistical test

Survival curve

GO analysis

Pathway

Gene set enrichment analysis (GSEA)

Standard Analysis
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