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Bioinformatics

Targeted Methylation Sequencing

DNA methylation이 가능한 4개의 뉴클레오타이드 중 메틸화의 레벨을 CpG island, Promoter region 등의 게놈 영역에 대해 확인할 수 있으며,
Whole genome bisulfite sequencing 데이터보다 작은 양의 시퀀싱 데이터만으로 주요한 영역의 Methylation pattern을 확인할 수 있습니다.
DNA methylation 데이터는 유전자 발현, 배아 발달, 세포 증식, 분화 및 염색체 안정성 등의 생물학적 현상 연구에 중추적인 역할을 합니다.
비정상적인 DNA methylation은 암과 같은 인간 질병으로 이어지는 DNA 항상성 상실 및 게놈 불안정성과도 관련이 있습니다.

Workflow
Methylation Sequencing

생명정보학 분석자세히 알아보기

Standard Analysis

Sequencing data preprocessing

Alignment bisulfite sequencing data to genome

Methylation calling

Differential Methylated Region (DMR) analysis

Differential Methylated Region (DMR) annotation

Standard Analysis

Bisulfite Sequencing

Bisulfite sequencing 을 통해 전장 유전체 상에 존재하는 Cytosine context (CpG, CHG, CHH) 에 대한 DNA methylation level 을 확인할 수 있습니다.
후성 유전적 현상을 Molecular 수준에서 연구하는 데 사용되며, 샘플 및 그룹 간 Differential methylated region을 확인하고
해당 영역의 Genomic contents를 Annotation하여 유전자의 발현에 미치는 영향을 확인할 수 있습니다.
테라젠바이오는 도라지에서 Whole genome bisulfite sequencing 데이터를 이용해 Platycosides biosynthesis를 연구한 바 있습니다.

Workflow
Bisulfate Sequencing

생명정보학 분석자세히 알아보기

Standard Analysis

Reference building for non-human species

Sequencing data preprocessing

Alignment bisulfite sequencing data to genome

Methylation calling

All cytosine context (CpG, CHG, CHH)

Differential methylated region (DMR) analysis

Differential methylated region (DMR) annotation

Standard Analysis

Advanced Analysis

Methylation rate (CpG, CHG, CHH)

Methylation pattern (Upstream, Genebody, Downstream)

Density of differentially methylated cytosines (DMCs)

No content

No content

No content

No content

Advanced Analysis

ChIP Sequencing

ChIP sequencing은 염색질 면역 침전(ChIP)과 NGS을 결합한 시퀀싱 방법이며, Bioinforamtics 분석을 통해 DNA 관련 단백질의 결합 부위를 식별할 수 있습니다.
식별된 결합 부위는 각 세포 유형의 후성 유전적 상태를 정확하게 예측할 수 있으며, 세포 과정의 조절, 세포의 분화 과정 또는 질병 진행 메커니즘을 이해하는 데 필수적입니다.
ChIP sequencing은 면역침전법을 사용함에 따라 필연적으로 기술적 편향이 발생할 수 있기 때문에,
IgG와 같은 배경 제어 및 전산 분석 방법을 사용한 정밀한 실험 설계를 통해 줄일 수 있습니다.

Workflow
ChiP Sequencing

생명정보학 분석자세히 알아보기

Standard Analysis

Sequencing data preprocessing

Local alignment to genome

Chromatin immunoprecipitation quality check

Peak calling

Peak annotation

Tanscription factor motif analysis

Standard Analysis
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